secuenciación de material genético y análisis
de la información genética

La Universidad Nacional Autónoma de México a través de la Coordinación de la Investigación Científica, pone a disposición de la comunidad científica pública y privada, la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática (UUSMB) para el desarrollo de proyectos relacionados con las ciencias ‘omicas (Genómica y Transcriptómica principalmente). Contamos con las tecnologías y aplicaciones de secuenciación de alto rendimiento, además de los métodos bioinformáticos más adecuados para el análisis masivo de datos y para su interpretación.

Principalmente, trabajamos con dos tecnologías: 1) Illumina, que utiliza una química de secuenciación por síntesis basada en terminadores reversibles fluorescentes.  Las plataformas disponibles son el MiSeq y NextSeq500 que son capaces de generar hasta 15Gb y 120Gb, correspondientemente. 2) Oxford Nanopore, que utiliza secuenciación por nanoporos proteicos en los cuales se registra el cambio de voltaje al paso de la cadena de ácidos nucleicos (DNA o RNA).

Los servicios que la UUSMB ofrece son para diferentes aplicaciones como secuenciacion genómica de novo, re-secuenciación de genomas, análisis de transcriptomas y expresión diferencial, identificación de ARN pequeños (smallRNA), patrones de metilación sobre el DNA e interacción DNA-proteína (CHiP-seq) a escala genómica. La UUSMB está equipada con un sistema de computo de alto rendimiento (High Performance Computing) que reune mas de 300 nucleos de procesamiento y 3Tbytes de memoria RAM compartida. Contamos también con un sistema de almacenamiento en disco duro de hasta 70Tbytes. Todo nuestro sistema esta alojado en el cluster de computo del Instituto de Biotecnología.

Además del servicio de secuenciación, se brinda asesoría previa para los investigadores que requieran ayuda para seleccionar la mejor estrategia de secuenciacion y analisis que les permitan alcanzar las metas y objetivos de sus proyectos. Finalmente, brindamos capacitación via nuestros cursos, para el análisis de datos de secuenciación masiva.

Aplicaciones para secuenciación y caracterización de DNA

• Preparacion y Secuenciación de bibliotecas de DNA genómico con las plataformas de Illumina y/o Oxford Nanopore Technology
• Secuenciación genómica de novo.
• Resecuenciación de genomas
• Identificación de SNPs y análisis de variación estructural.
• Identificación de interacciones DNA-proteínas (ChIP-Seq).
• Análisis de metilación de DNA basado en secuencia.
• Secuenciación metagenómica (Whole Metagenome Shotgun)
• Secuenciación dirigida (amplicones)
• Determinación de perfiles taxonómicos usando el gen 16S rRNA ribosomal para bacterias y regiones ITS para hongos

Aplicaciones para secuenciación y caracterización de RNA

• Preparación y Secuenciación de bibliotecas de RNAseq
• Análisis de expresión diferencial (transcriptoma)
• Reconstrucción de transcriptomas de novo.
• Identificación y análisis de expresión diferencial de RNAs pequeños (small RNA’s)

Otros servicios:

• Asesoría y servicios de análisis bioinformático de datos generados por secuenciación masiva.
• Análisis y cuantificación de muestras de RNA por electroforésis capilar (Bioanalyzer)
• Extracción de DNA y RNA de muestras no patógenas

Para información de los costos, puede solicitar una cotización al correo: uusmb@ibt.unam.mx o puede darse de alta en nuestro Sistema de Información de Secuenciación Masiva y Bioinformática SISBI y utilizar nuestras calculadora de costos.

Contacto: Dr. Alejandro Sánchez Tel: 5556227864 / 7773291864

Página Web: http://www.uusmb.unam.mx